陸軍軍醫大學病理學研究所由基礎醫學部病理學教研室與西南醫院病理科于2000年合并組建而成。病理學教研室由著名病理學家晏良遂教授創立于1942年（時稱國立中正醫學院病理學系），新中國成立后先后隸屬中南軍區醫學院、第六、第七、第三軍醫大學，晏良遂、程天民、史景泉、劉友生、卞修武教授先后任主任。1978年成為國家首批碩士學位授權學科，1984年成為博士學位授權學科，2000年獲批為基礎醫學博士后流動站。西南醫院病理科于1963年開始在病理學教研室指導下開展工作，1970年獨立建科（時稱第七軍醫大學長海醫院病理科），先后由袁玫、史景泉、陳意生、柳鳳軒、于冬梅主持工作、代主任或任主任，經過老一輩病理學家艱苦創業和精心培育，逐步發展成具有一定規模和優勢的臨床病理科室。重新組建成立研究所后，學術隊伍知識結構和人才梯隊更加合理，技術力量更加雄厚，學科實現了優勢互補和長足發展?，F為全軍臨床病理?？浦行?、第三軍醫大學病理會診中心和重點學科，是全國病理學委員會常委、中國病理科醫師協會常委、中國病理學工作者委員會副主任委員單位和全軍病理學專委會候任主任委員單位，是軍隊和重慶市精品課程建設單位。