我院應衛生部三等甲級醫院須設立心理門診的規定要求，于1990年成立了臨床心理咨詢門診，是重慶市首家在綜合醫院開展此項工作的單位。隨著社會節奏的加快，生存壓力的加劇，人與人之間的隔離和生疏，患心理障礙、心理疾病的人越來越多，綜合醫院已成為心理疾病患者主要選擇求助的醫療機構，為了順應社會對心理服務的需求，心理門診工作人員通過自身的不斷探索與診治水平的不斷提高，于2000年成立了臨床心理咨詢中心（院級中心），隸屬神經內科。為了貫徹執行總部對心理衛生工作的重視，與心理衛生工作在部隊的落實，院黨委及時把握疾病譜的變化與動向，于2009年5月正式成立了臨床心理科。 目前，科室占地面積近450平方米，設有七個功能治療單元。為了適應醫學模式轉變，我科率先在重慶市開展心理治療，變傳統藥物治療為藥物聯合心理的整合治療，是在西部地區及全軍開展心理治療最早的單位之一。目前，我科開展的心理治療手段有十余種，包括認知行為、精神分析、催眠、人本主義、生物反饋、團體治療等，專設了軍人心理咨詢門診及軍人心理咨詢專線電話。是目前軍內開展心理治療手段最完善的單位之一。 2009年10月，在我校承辦的全軍心理衛生工作座談會上，我科作為唯一的臨床現場展示點，接受了全軍心理座談會各級領導及專家檢查，得到與會領導和專家高度評價與認可。 2010年獲總后獲批“全軍臨床心理治療中心”。